ivoreus

1) Вы - гражданин РК? Или имеете вид на жительство в РК или его аналог?
Если нет, то наверное оштрафуют на границе.
2) Листок убытия и прочая туалетная бумага не нужны.
http://base.garant.ru/10103761/ - тут про регистрацию
3) Паспорт оформляется без листков убытия, без регистрации и военных билетов.
ВБ нужен, но отсутствие ВБ не является основанием для отказа в выдаче паспорта (выдадут и без него).
http://www.rg.ru/2010/03/05/admin-reglament-dok.html - тут про внутренний паспорт. П.34 - комплект документов. П.23 - основания для отказа в выдаче (отсутствие ВБ не является таким основанием, т.к. это документ для проставления обязательной отметки.).

Тут имеется, конечно, в виду 3 года от момента регистрации брака, а не от получения ВНЖ.

От отца в этом случае надо копию паспорта со страницей о регистрации по месту жительства, заверенную в ФМС.

Юристы, блин!
Постановление 12-П вовсе не отменяло пункт "г", оно лишь сказало, что те кто родился в РФ и не получал другого гражданства (+ еще какие-то условия), являются гражданами РФ по рождению, согласно ст. 13.2 старого закона о гражданстве РФ, и они не обязаны оформлять гражданство в регистрационном порядке.

По сути: вне зависимости, стоите на учете вы или нет, вы сможете в РФ получить и внутренний паспорт, и зарегистрироваться по месту жительства (то что все почему-то упорно называют пропиской). Остальные "хотелки" - от лукавого.
Никаких проблем на границе быть не должно.

Зачем выписываться с места жительства? университетская общага никаким боком местом жительства не является.
В общежитиях оформляется регистрация по м/п.
Штамп о регистрации по м/ж был поставлен незаконно.
Выписываться из общаги тоже не нужно - рега по м/п "исчезает" сама по себе с окончанием ее срока.
В отделении, где оформлялся паспорт, должна сохраниться форма 1-П с фоткой, ее достаточно для оформления нового паспорта. + СоР + 3 фотки + госпошлина.

Паспорт не забирают, успокойтесь. Будут забирать - жалуйтесь. СоР забирают.

Можете. Образование получено после 1 июля 2002 года.

Какое разрешение, у нас же уже не СССР!!!

Выезд за границу требует, в общем случае, наличия действующего загранпаспорта, и визы страны въезда. Первый вопрос решается в ФМС, второй - в консульстве/посольстве страны куда нужно въехать.

какое у товарища гражданство?

Это когда вы уже имеете основания получить гражданство этого государства, но оно требует в обязательном порядке предварительного отказа от предыдущего - тогда вам выдают после принятия решения о возможности приема в гражданство такую справку, с ней вы выходите из гр-ва РФ, приносите им справку о выходе из гр-ва РФ, и завершаете оформление своего нового гражданства.
В Германии, насколько я знаю, такой порядок.